Kłodzko jest najstarszym miastem na Ziemi Kłodzkiej. Pierwsza wzmianka o mieście pochodzi z 981 roku. To wtedy zmarł czeski książę Sławnik, który posiadał leżący przy rzece Nysa gród o nazwie Kłodzko. Znaleziska archeologiczne wskazują jednak na to, że gród istniał już dużo wcześniej.

W XI wieku Kłodzko było przedmiotem wielu sporów polsko-czeskich. W 1114 roku drewniany gród, który mieścił się w miejscowości, został doszczętnie spalony przez czeskiego księcia Sobiesława. Ten sam władca odbudował gród w 1129 roku w formie częściowo murowanej. 30 maja 1137 roku Bolesław Krzywousty przekazał Kłodzko Sobiesławowi, które było w jego rękach przez kilkadziesiąt lat. W 1200 roku w miejscowości mieścił się szpital, dwa kościoły oraz targ wraz z osadą.

Zobacz też: Kłodzkie legendy. O zatrutej Studni Piekarskiej

XIV wiek był dla Kłodzka nieszczęsny ze względu na liczne kataklizmy, pożary epidemie i powodzie. Jedna z najbardziej dotkliwych zabrała ze sobą ponad tysiąc ofiar. Pomimo tego, Kłodzko było w rozkwicie gospodarczym. To właśnie tutaj znajdowała się jedna z z najlepszych na Śląsku szkół oraz biblioteka klasztorna.

Na początku XV wieku w regionie trwały wojny husyckie. Kłodzko już w 1453 staje się własnością husyckiego króla Jerzego z Podiebradów. W 1459 roku podniósł on miejscowość do rangi suwerennego hrabstwa. W XVI wieku Kłodzko jednocześnie rozkwitało, jednak wciąż dość często miasto było narażone na kataklizmy. W 1526 miejscowość przeszła w ręce dynastii Habsburgów. W 1622 miasto było oblężone przez kilka tygodni przez wojska króla Ferdynanda II. Po zakończeniu konfliktu miejscowość była w złym stanie i pogrążyła się w kryzysie gospodarczym. Jezuici sprowadzeni do Kłodzka dbali natomiast o szkolnictwo, rozwój oraz kulturalne aspekty życia mieszkańców.